COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 19.084250 19.084250 18.748757
2021-03-06 17:00:00 19.662164 19.662164 18.599666
2021-03-05 17:00:00 18.735969 18.735969 18.550080
2021-03-04 17:00:00 20.378425 20.378425 18.512878
2021-03-03 17:00:00 18.023336 18.023336 18.326688
2021-03-02 17:00:00 16.231033 16.231033 18.105853
2021-03-01 17:00:00 19.579563 19.579563 17.947866

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 15.472860 15.472860 17.818796
2021-03-06 17:00:00 19.820628 19.820628 17.499362
2021-03-05 17:00:00 9.448662 16.240343 17.485357
2021-03-04 17:00:00 23.105902 23.105902 16.989133
2021-03-03 17:00:00 22.541306 22.541306 16.433120
2021-03-02 17:00:00 11.061151 24.055755 15.961078
2021-03-01 17:00:00 4.203633 10.646388 14.683838

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 16.161616 16.161616 14.963068
2021-03-06 17:00:00 16.542751 16.542751 14.704402
2021-03-05 17:00:00 16.683622 16.683622 14.458209
2021-03-04 17:00:00 17.453505 17.453505 14.331983
2021-03-03 17:00:00 15.856777 15.856777 14.341911
2021-03-02 17:00:00 14.121037 14.121037 14.313712
2021-03-01 17:00:00 7.129278 7.129278 13.950069

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 10.439560 10.439560 9.769511
2021-03-06 17:00:00 10.900298 10.900298 9.622361
2021-03-05 17:00:00 9.785472 9.785472 9.516548
2021-03-04 17:00:00 9.354305 9.354305 9.384472
2021-03-03 17:00:00 9.087317 9.087317 9.206303
2021-03-02 17:00:00 5.049505 11.188119 8.982488
2021-03-01 17:00:00 10.965868 6.512832 8.748142

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 15.184768 15.184768 16.998985
2021-03-06 17:00:00 19.325675 19.325675 16.893159
2021-03-05 17:00:00 16.824532 16.824532 16.956837
2021-03-04 17:00:00 17.024925 17.024925 16.892340
2021-03-03 17:00:00 15.923374 15.923374 16.844326
2021-03-02 17:00:00 18.940937 18.940937 16.590365
2021-03-01 17:00:00 20.148778 20.148778 16.224676

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 38.498362 38.498362 34.230905
2021-03-06 17:00:00 43.122081 34.649767 34.134640
2021-03-05 17:00:00 40.218065 32.040639 34.240377
2021-03-04 17:00:00 30.340963 30.340963 33.994129
2021-03-03 17:00:00 33.405876 33.405876 33.518448
2021-03-02 17:00:00 35.533879 35.533879 33.391666
2021-03-01 17:00:00 68.558606 35.580216 33.616724

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 20.601238 20.601238 18.163248
2021-03-06 17:00:00 20.288521 20.288521 17.982906
2021-03-05 17:00:00 20.300937 20.300937 17.720966
2021-03-04 17:00:00 18.498274 18.498274 17.630746
2021-03-03 17:00:00 19.862425 19.862425 17.401054
2021-03-02 17:00:00 15.100883 15.100883 17.048365
2021-03-01 17:00:00 18.756816 5.777628 16.502643

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 7.087133 7.087133 7.209971
2021-03-06 17:00:00 6.583825 7.917933 7.162353
2021-03-05 17:00:00 7.073612 7.073612 7.185988
2021-03-04 17:00:00 8.701876 8.701876 7.148449
2021-03-03 17:00:00 7.535197 7.535197 7.067609
2021-03-02 17:00:00 5.439311 6.018237 6.918136
2021-03-01 17:00:00 9.786277 5.298417 6.789101

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 14.253898 14.253898 12.953446
2021-03-06 17:00:00 11.034483 11.034483 12.918267
2021-03-05 17:00:00 13.223787 13.223787 12.921184
2021-03-04 17:00:00 14.541623 14.541623 12.995356
2021-03-03 17:00:00 13.161660 13.161660 12.849797
2021-03-02 17:00:00 12.602842 12.602842 12.778950
2021-03-01 17:00:00 13.739440 13.739440 12.949496

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 31.827723 31.827723 32.303446
2021-03-06 17:00:00 34.703140 34.703140 32.150975
2021-03-05 17:00:00 31.996561 31.996561 31.945648
2021-03-04 17:00:00 31.602736 31.602736 31.567414
2021-03-03 17:00:00 32.208266 32.208266 31.171530
2021-03-02 17:00:00 37.199644 37.199644 30.784199
2021-03-01 17:00:00 28.162512 28.162512 30.328357

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 24.433611 24.433611 18.431363
2021-03-06 17:00:00 19.078047 19.078047 17.753021
2021-03-05 17:00:00 21.953826 21.953826 17.512827
2021-03-04 17:00:00 23.342647 23.342647 16.953302
2021-03-03 17:00:00 15.881984 15.881984 16.676654
2021-03-02 17:00:00 8.234127 8.234127 16.182004
2021-03-01 17:00:00 24.545955 10.722443 15.880706

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 7.985697 7.985697 10.187472
2021-03-06 17:00:00 7.424242 7.424242 10.093143
2021-03-05 17:00:00 16.193853 16.193853 10.280260
2021-03-04 17:00:00 7.865169 7.865169 10.232354
2021-03-03 17:00:00 8.985283 14.445828 10.165143
2021-03-02 17:00:00 3.742204 3.742204 9.846342
2021-03-01 17:00:00 18.303571 5.394737 9.838913

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 34.932821 34.932821 56.956160
2021-03-06 17:00:00 203.738318 54.364090 59.116540
2021-03-05 17:00:00 63.888889 63.888889 60.756401
2021-03-04 17:00:00 55.482456 55.482456 62.778648
2021-03-03 17:00:00 69.825436 69.825436 64.752892
2021-03-02 17:00:00 100.425532 100.425532 67.687338
2021-03-01 17:00:00 63.350785 63.350785 69.028130

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 56.468172 56.468172 58.606395
2021-03-06 17:00:00 53.731343 53.731343 58.982247
2021-03-05 17:00:00 59.183673 59.183673 60.581277
2021-03-04 17:00:00 62.397820 62.397820 63.051917
2021-03-03 17:00:00 52.500000 52.500000 65.083748
2021-03-02 17:00:00 47.311828 47.311828 66.765711
2021-03-01 17:00:00 15.489130 88.722826 69.620370

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 23.400061 23.400061 21.094991
2021-03-06 17:00:00 18.832055 18.832055 20.880960
2021-03-05 17:00:00 16.878604 16.878604 20.568035
2021-03-04 17:00:00 41.553212 41.553212 20.396319
2021-03-03 17:00:00 19.730424 19.730424 20.159969
2021-03-02 17:00:00 16.203424 16.203424 19.705645
2021-03-01 17:00:00 25.920108 25.920108 19.448902

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 53.946754 53.946754 29.109471
2021-03-06 17:00:00 30.495579 30.495579 28.335697
2021-03-05 17:00:00 27.175163 27.175163 27.605402
2021-03-04 17:00:00 31.193059 31.193059 27.192200
2021-03-03 17:00:00 26.682184 26.682184 26.599738
2021-03-02 17:00:00 15.975591 21.603893 25.580076
2021-03-01 17:00:00 21.986063 23.853899 25.297650

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 4.752376 4.752376 4.060832
2021-03-06 17:00:00 3.965236 3.965236 4.031271
2021-03-05 17:00:00 3.641571 3.641571 4.006542
2021-03-04 17:00:00 4.612756 4.612756 3.993954
2021-03-03 17:00:00 4.263402 4.263402 3.945075
2021-03-02 17:00:00 3.399709 3.399709 3.853053
2021-03-01 17:00:00 3.602882 3.836572 3.900922

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 12.814238 12.814238 11.808067
2021-03-06 17:00:00 12.827736 12.827736 11.633499
2021-03-05 17:00:00 11.988912 11.988912 11.535670
2021-03-04 17:00:00 12.436154 12.436154 11.435715
2021-03-03 17:00:00 10.933063 10.933063 11.315453
2021-03-02 17:00:00 12.382411 12.382411 11.133809
2021-03-01 17:00:00 9.719398 9.719398 10.971995

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 10.085597 10.085597 9.389294
2021-03-06 17:00:00 10.021702 10.021702 9.324971
2021-03-05 17:00:00 9.608930 9.608930 9.343808
2021-03-04 17:00:00 9.512476 9.512476 9.235277
2021-03-03 17:00:00 8.772724 8.772724 9.170652
2021-03-02 17:00:00 9.147501 9.147501 9.127476
2021-03-01 17:00:00 12.183940 7.244342 9.056566

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 27.657143 27.657143 29.437247
2021-03-06 17:00:00 27.717924 27.717924 29.224540
2021-03-05 17:00:00 32.275711 32.275711 29.349866
2021-03-04 17:00:00 29.535398 29.535398 29.271873
2021-03-03 17:00:00 25.704526 25.704526 29.144495
2021-03-02 17:00:00 45.085803 45.085803 28.776138
2021-03-01 17:00:00 58.088235 29.276316 28.554512

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 2.491103 2.491103 6.106589
2021-03-06 17:00:00 4.776119 4.776119 6.231950
2021-03-05 17:00:00 24.193548 24.193548 6.516575
2021-03-04 17:00:00 11.224490 11.224490 6.493315
2021-03-03 17:00:00 5.487805 5.487805 6.766028
2021-03-02 17:00:00 6.896552 6.896552 6.706966
2021-03-01 17:00:00 7.142857 7.142857 6.941967

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-07 17:00:00 33.252165 33.252165 32.787338
2021-03-06 17:00:00 28.400074 39.320388 32.478758
2021-03-05 17:00:00 34.573857 34.573857 32.300184
2021-03-04 17:00:00 35.883205 35.883205 31.935589
2021-03-03 17:00:00 33.030382 33.030382 31.491581
2021-03-02 17:00:00 29.554753 29.554753 31.372435
2021-03-01 17:00:00 34.795153 15.979860 30.712338

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 15.472860 15.472860 17.818796
Basilicata 16.161616 16.161616 14.963068
Calabria 10.439560 10.439560 9.769511
Campania 15.184768 15.184768 16.998985
Emilia-Romagna 38.498362 38.498362 34.230905
Friuli Venezia Giulia 20.601238 20.601238 18.163248
Lazio 7.087133 7.087133 7.209971
Liguria 14.253898 14.253898 12.953446
Lombardia 31.827723 31.827723 32.303446
Marche 24.433611 24.433611 18.431363
Molise 7.985697 7.985697 10.187472
P.A. Bolzano 34.932821 34.932821 56.956160
P.A. Trento 56.468172 56.468172 58.606395
Piemonte 23.400061 23.400061 21.094991
Puglia 53.946754 53.946754 29.109471
Sardegna 4.752376 4.752376 4.060832
Sicilia 12.814238 12.814238 11.808067
Toscana 10.085597 10.085597 9.389294
Umbria 27.657143 27.657143 29.437247
Valle d'Aosta 2.491103 2.491103 6.106589
Veneto 33.252165 33.252165 32.787338

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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